此技术是建立在基因组限制性片段基础上的PCR 扩增.由于不同物种的基因组DNA 大小不同,基因组DNA 经限制性内切酶酶切后,产生分子量大小不同的限制性片段.使用特定的双链接头与酶切DNA 片段连接作为扩增反应的模板,用含有选择性碱基的引物对摸板DNA 进行扩增,选择性碱基的种类,数目和顺序决定了扩增片段的特殊性,只有那些限制性位点侧翼的核苷酸与引物的选择性碱基相匹配的限制性片段才可被扩增.扩增产物经放射性同位素标记,聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后根据凝胶上DNA 指纹的有无来检出多态性。